十二五“水污染治理專項”以：重污染行業減排、城鎮污水處理、農業水源污染控制、飲用水安全凈化為重點。專項活動啟動后將實現我國湖泊、河流污染控制和城鎮污水處理整裝成套技術，整體提升我國流域水環境綜合整治科技水平為目標。

“‘十二五’期間，水體污染控制與治理科技重大專項(簡稱“水污染治理專項”)將強化流域系統設計，緊密結合重點流域規劃和治污工程，創新管理體制機制，培育戰略性環保產業，實現‘減負修復’階段目標。”

十二五“水污染治理專項”預期取得成果：

一是在太湖、巢湖、滇池等重點流域示范區，研發與集成“污染源系統控制—入湖河流清水產流機制修復—湖濱緩沖帶生態構建”的整裝成套技術，并開展規模化綜合示范，太湖、巢湖實現示范區水體水質消除劣Ⅴ類，不爆發大面積藍藻水華，滇池流域示范區水體水質達到Ⅳ類。

二是在遼河、海河、淮河和松花江等重點流域示范區，通過技術研發、綜合集成和工程示范，“三河”流域特征污染物減排15%以上，流域主控斷面河流水質COD功能達標，氨氮降低到3～5毫克/升，溶解氧恢復到5毫克/升以上，干流生物多樣性顯著提高，出現土著水生生物。

三是在飲用水安全保障方面，基本形成從源頭到龍頭全過程的工程保障技術體系和從中央到地方多層級的水質監管技術體系，全面支撐飲用水水質達到《生活飲用水衛生標準》要求，建成1個國家飲用水水質監管業務化平臺，2～3個省飲用水水質監測預警應急的業務化平臺，服務人口超過2億人。

四是在支撐環保產業發展方面，水污染控制與治理關鍵設備裝備國產化和規模化大幅提高，研發具有自主知識產權的各類監測儀器設備25種以上，形成高標準污水處理設備每年500臺(件)以上的生產能力，通過建立政產學研一體化聯盟，培育壯大1～2家年產值數十億元的大型環保企業。

據悉，“十一五”期間，“水污染治理專項”圍繞“三河三湖一江一庫”等重點領域，設置了6個主題、33個項目、238個課題。截至目前，已啟動32個項目、230個課題。專項啟動實施以來，在重污染行業減排、城鎮污水處理、農業面源污染控制、飲用水安全凈化、流域水質目標管理等關鍵領域取得了突破。

“水污染治理專項”在“十二五”期間的戰略目標是，到2015年，太湖、巢湖、滇池和三峽庫區等流域示范區，以控制氮、磷營養鹽為重點，水質提高一個等級并消除劣Ⅴ類;遼河、海河、淮河、松花江等示范流域，以控制COD、氨氮為重點，水質消除劣Ⅴ類，生態功能局部恢復。重點示范城市的飲用水水質全面達到《生活飲用水衛生標準》要求。

十二五“水污染治理專項”的正式啟動，將堅持預防為主、防治結合、綜合治理的原則，優先保護飲用水水源的原則，全力推動污水處理行業的發展。